繼苗栗通霄及嘉義鹿草(昨誤為義竹)和宜蘭縣頭城鎮發現秋行軍蟲，受害農田進行銷毀，「秋行軍蟲災害緊急應變小組」(簡稱應變小組)13日再公布，11日民眾通報秋行軍蟲兩例分子鑑定確認的案例，分別來自臺東鹿野的玉米，及宜蘭大同的玉米筍，兩例的分子鑑定都是屬於稻米型，應變小組已和地方政府，進行相關受害作物及農田的銷毀處理作業程序，為加速確認案例之防治工作，自今日始將直接依形態鑑定結果啟動緊急防治。應變小組說明，目前接獲民眾通報共78例，雲林、臺中、新竹等縣市都有，有待專家形態鑑定確認，並呼籲全民切勿掉以輕心。

　　防治秋行軍蟲中央和地方政府協力合作，行政院農業委員會13日天傍晚也召開跨部會會議，會中決議，農委會提供秋行軍蟲辨識之文宣圖檔，供各部會宣導使用，並請應變小組確認通報細節流程，以利後續處置依標準處理流程進行，並提供常見寄主植物清單，以利各部會巡檢通報。

　　應變小組13日上午也再度召集縣市政府舉開災害防救會議，會中再次針對秋行軍蟲的緊急防治標準作業程序協調確認。在未發現秋行軍蟲成蟲前，經劃定疫區之農地將拉出封鎖線，進行移動管制，並依天候及地形條件採用現地「焚燒」或「掩埋」兩種方式銷燬，並進行全區噴灑殺蟲劑，處理後之農田，都需加掛性費洛蒙誘集器，等三個月後無蟲跡後，始得耕作，相關銷燬及休耕將分別依法補償。前揭焚燒環保署已函將請地方環保局辦理簡化程序以兼顧防疫與環保。倘有機驗證田區因配合秋行軍蟲防疫防治作業使用化學藥劑，會由驗證機構按實際作業範圍作暫時性管制，但最終不影響有機驗證資格。

　　應變小組強調，目前秋行軍仍是第一代幼蟲，有賴農民和民眾迅速通報殲滅，為達成及早發現及早防疫的目標，掌握防治關鍵期，12日也公布提報獎金每例一萬元。應變小組13日也公布獎勵要點：通報人提供電話及身分證明文件，發現秋行軍蟲之詳細地點（包括縣市、鄉鎮及定位座標），和秋行軍蟲清晰圖像檔案及植株受害狀圖像檔案。應變小組將派員現場勘查，確認為自然入侵危害者，發給獎勵金新臺幣一萬元。通報期間溯至民國108年6月8日起，至6月21日止。鼓勵民眾在未來這幾天的黃金防疫關鍵期多多通報，全民防治蟲蟲危機。通報方式則為「防檢局防疫小尖兵臉書」、「防檢局LINE@」，「農作物天然災害即時回報APP」，或撥打防檢局通報專線0800-039-131。