近年來文蛤大量死亡事件造成養殖業者重大的損失，行政院農業委員會水產試驗所開發出具抗水產病原弧菌及改善水質之益生菌-短小芽胞桿菌D5 (Bacillus pumilus D5)，施用該益生菌配合文蛤業者良好的養殖管理，改善養殖環境，可以有效提高文蛤的成長及存活率。
　　水試所說明，國內文蛤養殖自1970年代以後出現大量死亡之情形，早期係於3、6、9月發生季節性不明原因死亡，但近年來非季節性之斃死事件頻傳，不僅造成養殖戶損失，對國家經濟也有嚴重影響。文蛤大量死亡發生原因，據推測可能與養殖環境溫度、鹽度的急遽變化、水質和底棲環境的劣化、養殖密度過高及養殖管理不當等多因子所致。水試所於2015年由白蝦腸道中分離出一株益生菌-短小芽胞桿菌D5，試驗顯示，將短小芽胞桿菌D5添加於飼料中餵飼文蛤6個月，可以增進文蛤成長，大幅減少養殖池水弧菌的數量，有效降低池中有毒的總氨氮及硫化氫濃度，調節文蛤的免疫能力，提升文蛤的存活率。
　　水試所指出，根據2015～2018年進行雲嘉南地區文蛤養殖環境現場調查結果顯示，在255場次的文蛤養殖池調查中，因單純的水質不良而造成文蛤大量死亡的情形約有129場次，占50%；水質不良加上弧菌或是革蘭氏陰性菌混合感染者共100場次，約占40%。由此推測，養殖管理不當導致的水質不良是造成文蛤死亡的最大因素，次要原因是水質不良加上弧菌或是革蘭氏陰性菌混合感染。經實驗室內以病原弧菌攻擊文蛤試驗結果顯示，創傷弧菌 (Vibrio vulnificus)及巴西弧菌(V. brasiliensis )會造成文蛤死亡，鰻弧菌(V. anguillarum)及副溶血弧菌(V. parahaemolyticus)等弧菌則會導致文蛤體弱。
　　水試所表示，由於水質不良及弧菌感染是文蛤死亡之重要原因，該所已將具有抗弧菌及改善水質能力的短小芽胞桿菌D5技術轉移給5家益生菌廠商，未來將搭配其它益生菌應用於餌料以及飼料中，可以有效降低文蛤池中的弧菌量及改善水質，再配合養殖業者強化文蛤的養殖管理，預期能有效解決臺灣文蛤產業所面臨的問題，恢復文蛤產量，讓消費者能享用價廉物美的文蛤。