為因應國內外農產品市場對「非疫生產體系」與健康種苗可追溯性的高度需求，農業部種苗改良繁殖場攜手產業，推動以源頭管理為核心的非疫生產體系，從親本材料、育苗場管理第三方驗證，建構「Start Clean、Stay Clean」的健康種苗供應鏈，強化我國農產品生產基礎與國際接軌能力。

　　種苗場指出，非疫生產體系的關鍵在於「源頭風險管理」。針對親本材料、採種生產，該場協助產業進行系統化的病原檢測、抗病性篩檢，確保材料來源具備可追溯、可驗證的品質基礎。透過標準化流程與科學數據支持，有效降低病原隨繁殖材料進入生產鏈的風險。

　　為提升產業自主能力，種苗場推動Open Lab開放實驗室服務模式，結合教育訓練與實作導向，協助業者理解檢測技術原理、適用情境與操作要點，並善用公共實驗室資源執行檢測作業，讓品質管理不再只是結果判讀，而是可被產業理解與應用的工具。

　　種苗場表示，在種子(苗)生產端，該場持續協助產業建立田間檢查人員制度，並配合取樣與抽檢教育訓練，讓田間管理與實驗室檢測具備一致的品質；並擔任臺灣健康種苗驗證窗口，協助動植物防疫檢疫署推動健康種苗生產驗證制度，該制度讓品質管理從生產過程即開始落實，而非僅依賴最終產品檢測。種苗場同時以第三方驗證角色，對外提供種子品質、基因改造及重要植物病原檢測服務，並持續接受國內外稽核與能力確認，確保服務品質與量能，實質支援產業出口與高端市場需求。此外，在育苗場端，種苗場與產業共同推展「五環管理系統」，從場域設施、人員、資材、水源到作業流程進行整合管理，以生產過程治理取代事後檢定，確保健康種苗品質可被持續掌握。

　　種苗場進一步表示，非疫生產體系不是單一檢測技術，而是一套以源頭管理為核心的生產制度，唯有從一開始落實風險控管，農產品才能在生產全程維持健康狀態。該場種子檢查室是全臺唯一獲得國際種子檢查協會(International Seed Testing Association, ISTA)認證的實驗室，自2001 年起具備核發國際種子檢驗證（ISTA Certificate）資格，協助我國種子出口並保障品質。種苗場已於2025年續獲ISTA種子品質實驗室實地稽核，並完成展延，同時也具備TAF認證ISO/IEC 17025檢測實驗室，不僅受農糧署委託進行田間栽培作物GMO監測抽檢工作，另受防檢署委託辦理輸出植物種子病原檢測作業與健康種苗驗證體系推動。未來將持續擴充服務項目，深化與產業的協作，做為國家級技術平台，穩定支撐我國健康種苗與非疫生產體系的長期發展。